Les différentes types de congés maladies
Article mis en ligne le 6 novembre 2025

par snfolcdijon

Les différentes types de congés maladies

Les abréviations :
CMO : Congé Maladie Ordinaire. (un an maximum)
CLM : Congé Longue Maladie. (trois ans maximum)
CLD : Congé Longue Durée. (cinq ans maximum)

Fonctionnement d’un CMO (Congé Maladie Ordinaire) :

Il dure au maximum une année. Les trois premiers mois de traitement sont payés à 90% (contre 100% avant depuis le 1er mars 2025 avec la loi finance, loi à laquelle FO s’est opposé) et les neufs mois de traitement suivants sont payés à 50%.

Si un CMO va jusqu’au début d’une période de vacances, celle-ci sont considérées comme travaillées. Il n’y a pas besoin de reprendre un jour avant

Attention : si un CMO va jusqu’aux vacances scolaires et qu’à la rentrée de celles-ci un nouveau CMO est prononcé avec la mention « prolongation », la durée des vacances sera alors intégrée dans le décompte annuel des CMO… De même pour un week-end.

A la fin des trois premiers mois il peut être conseillé de demander à son médecin de passer en CLM afin, notamment de continuer d’avoir un traitement à 90%. Il est accordé sur la demande de l’intéressé, accompagné des pièces justificatives, pour les maladies de la liste publiée dans l’arrêté du 14 mars 1986 disponible sur le site legifrance.

Fonctionnement d’un CLM (Congé Longue Maladie) :

Il dure au maximum trois ans. La première année de traitement est à 90% et les deux suivantes sont à un traitement de 50%. Les trois mois du CMO sont comptés ! Donc on fait 3 mois a 90% de CMO puis 9 mois a 90% de CLM. Si le CMO est transformé en un CLM : votre CLM débutera donc au 1er jour d’arrêt du CMO.

Un congé de longue maladie peut être attribué, à titre exceptionnel, pour une maladie non énumérée ci-dessus, après avis du Conseil médical.

La reconduction par tranche de 3 à 6 mois (jusqu’à 3 ans) est soumise à procédure (examiné par le comité médical). Elle doit être effectuée un mois avant la fin du congé en cours.

Fonctionnement d’un CLD (Congé Longue Durée) :

Il dure au maximum cinq ans. Les trois premières années de traitement sont à 90% et les deux dernières sont à un traitement de 50%.

Le fonctionnaire placé en CLD peut immédiatement être remplacé dans ses fonctions (perte de poste). Son droit à reprendre ses fonctions n’en est cependant pas affecté puisque sa réintégration peut éventuellement être prononcée en surnombre, c’est-à-dire même s’il n’existe pas d’emploi budgétaire susceptible de l’accueillir dans le corps auquel il appartient.

Le fonctionnaire atteint d’une affection relevant de l’un des cinq groupes de maladies suivants : cancer, maladie mentale, tuberculose, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis peut demander un CLD dans les mêmes conditions que le CLM.
La demande se fait impérativement à la fin des 12 premiers mois de CLM. Elle ne peut être faite au delà.

Informations en vrac :

- Si une prévoyance complète les traitements à 50% lors d’une période en CMO ou en CLM et que vous passez au congé supérieur (ex : passage d’un CMO à un CLM), on vous demandera de rembourser l’écart des 50% de traitements qui vous auront été compensés par la prévoyance.

- Il est possible de demander de passer à un CLM même si votre pathologie n’est pas dans la liste, la demande est à porter devant le conseil médical qui statuera.